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出芝管理前期管理（埋棒后20天）菌袋埋土后，主要为水分、通气、温度光照三要素的调节，要保持适宜的温度、湿度、光照和控制通风量，温度要保持在22—26T，空气相对湿度要保持在85%—90%，初期以保温为主，白天拉开一层遮阳网，接受光照，避免日光直射，增加土壤温度，中午气温过高时，应开窗通风，喷水降温。在汉中约15d原基便可零星露出土表。中期管理（埋棒后20—40d）气温上升，温差较大，白天注意降温，控制温度在22—28空气相对湿度要保持在90%—95%;晚间应放下薄膜减少温差。光照采用双层遮阳网控制，制造出闪烁型林下散射光。此阶段，菌原基生长较快，每2—3d要进行通风换气，灵芝对二氧化碳非常敏感，否则，会造成灵芝菌柄长、不开伞或畸形。在此期间要定苗修头，原基生长20d后海袋选留1株强势菌株，并对其上生长点进行修头，即修成马蹄形，利于商品外形一致，提高灵芝菌盖的商品率，一般次修完后10d，应再进行一次留株修头。
河南驻马店市近几年研究段木熟料栽培灵芝，其产品质量可靠，效益较好。2009年至2010年度，有部分芝农，因前期发菌、芝棒下地等技术环节管理不到位及春季天气温度低等方面的原因，芝棒污染严重，造成了资源浪费及经济损失，个别地方因此产生菌种质量纠纷，影响着灵芝产业的发展。对此，笔者对我市灵芝主产区的芝棒污染原因进行了专门的调查研究，并提出了相应的措施。污染原因芝棒污染的根本原因是竞争性杂菌入侵感染，芝棒大范围污染事件多发生在灵芝栽培老产区，其污染原因归纳起来主要有以下几个方面：栽培品种抗逆性减弱抗逆性减弱是品种种性退化的一个表现，这是芝棒污染的内因。菌种不合格主要表现为栽培种带有杂菌；菌龄过长，菌种老化，萌发力差，吃料慢，菌丝弱，接种后封面时间长；高温、变温培养的菌种，菌丝纤细无力，扩展缓慢。
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选择环境良好的芝地选择芝场时，要求前茬没栽培过食用菌，同一块芝地上下茬隔2年以上，不同年份的2块芝地之间相距100m以上。环境质量符合NY5010-2002标准。采取措施防止基质变质适宜菌丝生长的段木块含水量是33%~48%，若原木砍伐时间较长，可于截段前或截段后浸水5~24h或加大填充用木屑的含水量。装袋后要尽快码袋灭菌，冬季装袋后到灭菌开始的时间间隔也不宜超过2d。注意一次性灭菌数量不宜太多（10000袋以内为宜），以免造成灭菌不彻底、基质变质，延长灭菌、接种时间，增加菌袋感染率。使用高质量的塑料袋，减少微孔使用产品质量可靠、稳定的厂家生产的塑料袋,厚度要求0.035mm~0.05mm,装袋、灭菌、接种及运输过程中要轻拿轻放，发现被段木块刺破的菌袋，须用纸胶布或透明胶布粘住菌袋砂眼或微孔。
用750g、口径4cm的瓶，也可采用广口瓶或罐头瓶。拌料装瓶主料与辅料等先拌匀，把糖溶于水中而后逐渐加入料中并充分拌匀，每100kg干料加水140?160kg,以手紧握料指缝中有少量水滴下为宜。采用徒手或装瓶机分装，要求松紧适中，直至离瓶口1cm处，压平，中央用捣木打孔至瓶底，洗净瓶口、瓶壁污物，瓶口用牛皮纸包好。灭菌接种常压100兀灭菌，持续8?12h,高压灭菌121兀，保持1.5h。待冷却后，在无菌条件下接入菌种。然后放到培养室，控制温度25兀，室内相对湿度控制在70%以下。培养室内保持黑暗状态，以利菌丝生长。一般经20d发菌培养，当菌丝长至1/2瓶时，可以除去封口纸，搬至于实体发生室。此时控温25兀?28兀，相对湿度增至90%~95%,保持空气清新，增强漫射光。菌盖不断生长，直至四周白色生长圈消失，即停止生长扩大，但仍可继续加厚。子实体形成菌管，弹射出红褐色孢子。
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